Le protestantisme fut donc un rempart contre l'Inquisition catholique. Il est un ensemble d'Églises cathares rassemblées en une religion d'État appelée protestantisme, luthérienne, calviniste ou anglicane. Il permettait aux frères et sœurs d'intégrer les populations catholiques dans des régions particulières, de lire la Bible en toute tranquillité d'esprit en annonçant le Salut par la grâce ouvertement. Cependant, le ministre doit faire des études bibliques et être confirmé. La Sainte Cène est prise quatre fois par année. La communion fraternelle devient froide et inexistante. De plus, les réformateurs comme Luther, Zwingli et Calvin n'acceptèrent pas la forme des Églises anabaptistes ou cathares sous peine d'Inquisition. Luther noya plusieurs anabaptistes, Calvin fit brûler Servet et Zwingli rompit avec Menno Simons. Il y eut la guerre des paysans où les anabaptistes furent écrasés en 1525. Accompagnés d'une sévère répression en Allemagne, ils durent s'exiler.

Alors, les Églises cathares sous le protestantisme perdirent leur communion fraternelle très importante pour l'Église Universelle de Christ. Auparavant, les Églises étaient reliées entre elles sous forme de communication. Chaque contribution laïque servait à édifier chacune des Églises. Un tel avait un don de prédication, de docteur, de traduction, de langue, de guérison, d'organisation, de missionnaire, d'ancien, de diacre, d'évêque ou autres. Alors, chacune des petites pierres vivantes composant une communauté ou petite Église était mise à contribution. Chacun prend part à la Sainte Cène, prie, enseigne, fait part d'éclaircissements ou de commentaires selon les Écrits Saints. Puis l'Esprit-Saint distribuait à chacun selon sa part et sa dose. À cause de ce mode apostolique renfermé dans l'Écriture, l'Église croît et se multiplie en fondant plusieurs autres Églises.

Ces petites Églises reconstituées des Églises apostoliques primitives cathares, de chrétiens régénérés par les réformateurs ou de catholiques devenus protestants et désirant faire partie de ces petites Églises apostoliques portèrent le nom de anabaptiste, évangélique, pentecôtiste ou mennonite. Les anabaptistes sont les descendant des baptistes, si répandus en Amérique du Nord. Ces Églises existèrent au temps apostoliques sauf que certaines passèrent pour une courte période par le stage dit protestant, avant de reprendre la forme des Églises cathares. Ces croyants émigrèrent en grand nombre vers la Hollande, l'Angleterre, la Pologne, la Sibérie, l'Ukraine, l'Allemagne du Nord, le Mexique, la Bolivie, le Brésil, l'Uruguay, le Paraguay, le Canada et les États-Unis. Tous ces frères et sœurs dans le Seigneur grandement persécutés au travers les siècles cherchèrent une terre d'accueil où chaque homme serait égal avec une foi commune. Ce furent ces frères qui peuplèrent le Nouveau Monde pour l'Angleterre. C'est également eux qui firent la Guerre d'Indépendance et formèrent la religion première des États-Unis d'Amérique. Actuellement, on évalue l'ensemble de ces Églises cathares à travers le monde à plus de 250 millions de chrétiens. Elles prennent énormément d'expansion en Amérique Centrale et du Sud, en Asie et en Afrique; tandis que des missionnaires venus de partout dans le monde évangélisent à nouveau le vieux continent.